Adaptasi manga Keroro ke anime banyak memperlihatkan variasi, yang mana ada episod banyak menyerupai bab manga yang sejajarnya, dan ada yang cuma meminjam cerita asasnya atau menggunakan cerita asal sebagai titik permulaan.

• Barangkalinya perbezaan yang paling tidak ketara ialah bahawa dalam versi manga, Bumi digelar oleh para makhluk asing sebagai "Pokopen", manakala dalam anime, Bumi digelar "Pekopon". "Pokopen" ialah kata kesat yang digunakan oleh orang Jepun untuk menghina China ketika Perang China-Jepun, maka perkataan ini diharamkan dari rancangan televisyen oleh pihak berkuasa di Jepun.
• Sementara manga lebih cenderung kepada pembaca remaja, versi anime diubah suai untuk disesuaikan dengan kanak-kanak. Contohnya, dalam manga, apabila Natsumi memakai bikini Aki dan bertukar kembali dari bentuk dewasa menjadi bentuk remaja, bikini itu tidak turut mengecil lalu banyak memalukannya. Dalam anime pula bikini itu mengecil bersamanya.
• Oleh sebab Giroro, Kururu, dan Dororo diperkenalkan dalam anime terlebih dahulu berbanding manga, beberapa jalan cerita manga yang langsung tidak memaparkan mereka diubah suai untuk meyisipkan mereka dalam anime.
• Disebabkan perbezaan masa antara permulaan manga dengan permulaan anime, kisah latar belakang Angol Mois telah diubah suai. Dalam manga, Angol Mois tiba tepat pada masanya pada tahun 1999 untuk memusnahkan bumi sebagaimana ramalan Nostradamus, tetapi di dalam anime pula Mois tiba 5 tahun lebih lewat daripada sepatutnya (2004 dan bukannya 1999).
• Mutsumi (623) masih mengekalkan rancangan radionya dalam anime, tetapi dia merupakan seorang rakan sekelas Natsumi, dan nama keluarganya ditukarkan kepada Saburo (326) daripada Hojo. Selain itu, identiti Saburo sebagai penyampai rancangan radio 623 juga tidak diketahui oleh Natsumi serta para pendengar rancangan tersebut.
• Pada awal manga, Keroro memperoleh semula Kero Ball pada awal jalan cerita, tetapi di dalam anime pula Fuyuki menyimpan Kero Ball tersebut. Ini bermakna beberapa episod anime berteraskan Kero Ball tidak berlaku atau jika ada pun, ia berlaku dengan cara yang lain di dalam manga.
• Di dalam anime, Sumomo merupakan penyanyi popular di serata angkasa lepas yang muncul dalam beberapa episod, tetapi di dalam manga pula dia merupakan makhluk "Axotol" yang muncul di dalam episod bonus manga.
• Dororo dan Koyuki tinggal di sebelah rumah keluarga Hinata di dalam manga, tetapi di dalam anime pula mereka tinggal di dalam hutan di belakang rumah agam Momoka di mana Menara Nishizawa boleh dilihat dari rumah mereka.
• Beberapa episod dalam anime asalnya tiada di dalam manga.
• Dalam episod khas di dalam jilid ketiga manga Keroro, Sumomo tinggal bersama-sama seorang perempuan yang tidak diketahui identitinya yang mempunyai seorang ayah yang turut mengeksploitasi Sumomo sebagai sumber ilham komiknya sebagaimana Aki Hinata. Di dalam anime pula Sumomo membeli sebuah rumah di Malibu.
• Pada permulaan manga, Fuyuki merupakan murid Tahun Enam di sekolah rendah manakala Natsumi pula pelajar Tingkatan Dua. Di dalam anime pula, Fuyuki sudah pun memasuki Tingkatan Satu manakala Natsumi pula di Tingkatan Tiga.
• Di dalam manga, Fuyuki menyertai kelab supernatural yang mempunyai ramai ahli, tetapi setelah memasuki sekolah menengah dia menyertai kelab manga demi mengikuti jejak ibunya. Di dalam anime pula, Fuyuki menyertai kelab supernatural di sekolah menengah yang hanya disertai oleh Fuyuki dan Momoka.
• Pencerita tidak pernah menonjolkan dirinya di dalam manga, tetapi di dalam anime pula dia seringkali membuat kemunculan.
• Pangkat Dororo di dalam manga ialah Koperal, sementara di dalam anime pula pangkatnya ialah Lans Koperal.
• Dalam jilid ke-76 manga, Keroro bermain Game Boy Advance SP di atas katil Fuyuki, manakala dalam anime Keroro bermain Nintendo DS.